The French ANR project "Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity" D2KAB (www.d2kab.org) has created a framework to turn agronomy and biodiversity data into knowledge –semantically described, interoperable, actionable, open– and investigate scientific methods and tools to exploit this knowledge for applications in science & agriculture. One of the five driving scenarii of D2KAB was to publish on the Web of Linked data an archive of French agricultural alert bulletins, called Plant Health Bulletins (Bulletins de Santé du Végétal). To annotate the bulletins using crop diseases and pests, we need a new semantic resource. Several ontologies and knowledge graphs already exist on the subject, but they do not cover all our needs. We have therefore developed a new ontology, "BioAGgressor Ontology" (BAGO), reusing elements from existing ontologies as far as possible. This new ontology was developed using the LOT methodology in partnership with 4 experts in agriculture, entomology and plant disease. This ontology was updated with new sources during the French CASDAR project STAR "Standardiser les données expérimentales et techniques pour faciliter leur réutilisation et accélérer l’innovation et le développement agricole : application aux travaux sur les biosolutions" started in 2024.
F. AMARDEILH, S. BERNARD, R. BOSSY, M. COURTIN, M. HIRSCHY, P. LARIGNON, C. ROUSSEY, N. SAUVION. Une ontologie pour modéliser les bioagresseurs des plantes. Dans les actes des 35es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) associée à la Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), 3-5 Juillet 2024, La Rochelle, France. pp.8-13, ⟨hal-04638343⟩
Florence AMARDEILH, Elzeard (https://orcid.org/0000-0002-6306-4437)
Jacques AVELINO, PHIM, CIRAD (https://orcid.org/0000-0003-1983-9431)
Marine COURTIN, MaIAGE, INRAE (https://orcid.org/0000-0003-4189-4322)
Matthieu HIRSCHY, ACTA (https://orcid.org/0000-0002-2711-7714)
Nathalie SMITS, ABSys, INRAE Occitanie (https://orcid.org/0000-0001-6340-721X)
Nicolas SAUVION, PHIM, INRAE (https://orcid.org/0000-0002-1641-5871)
Robert BOSSY, MaIAGE, INRAE (https://orcid.org/0000-0001-6652-9319)
Sophie AUBIN, DIPSO, INRAE (https://orcid.org/0000-0003-4805-8220)
Stephan BERNARD, LISC, INRAE (https://orcid.org/0000-0001-9694-1443)
Catherine ROUSSEY, MISTEA, INRAE (https://orcid.org/0000-0002-3076-5499)
This ontology and associated knowledge graphs were build during the D2KAB project. The ontology goal is to model all the living organisms involved in cultivated plant disease appearance. The ontology and its documentation represent the point of view of some french researchers from differents institutions (INRAE, Elzeard, Acta, IFV).
FORREST W. Nutter Jr., Disease Assessment Terms and Concepts, Plant Disease, Vol. 75 No. 11, November 1991, p 1187-1189
IFV web page called "fiches pratiques" of the IFV Occitanie Center https://www.vignevin-occitanie.com/fiches-pratiques/
INRAE web site ephytia: https://ephytia.inra.fr/fr/
book Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoît Moury. L'immunité des plantes, Pour des cultures résistantes aux maladies, édition Quae, 7 janvier 2021, 392 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232352, https://www.quae.com/produit/1661/9782759232345/l-immunite-des-plantes
book Jean-Michel Legave (coordination scientifique). Les productions fruitières à l'heure du changement climatique, Risques et opportunités en régions tempérées, édition Quae, 10 février 2022, 464 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232536, https://www.quae.com/produit/1667/9782759232529/les-productions-fruitieres-a-l-heure-du-changement-climatique
book Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll (coordination scientifique). Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages.
book Phil Taylor. Plantwise Diagnostic Field Guide: A tool to diagnose crop problems and make recommendations for their management, www.plantwise.org, CABI, 2015, 118 pages, https://www.plantwise.org/wp-content/uploads/sites/4/2019/11/Diagnostic-Field-Guide.pdf
book Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou (coordination scientifique). Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
the INRAE thesaurus https://thesaurus.inrae.fr/thesaurus-inrae/fr/
the web dictionary Camille Joseph, Daniel Delattre, Jean-Pierre Sarthou, 2018. Auxiliaires des cultures : Définition. Dictionnaire d’agroécologie. https://doi.org/10.17180/9z65-4m22
web dictionary CNRTL https://www.cnrtl.fr/definition/
web dictionary Larousse https://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/
web dictionary franceterme https://www.culture.fr/franceterme/
web site wikipedia https://fr.wikipedia.org/
projet CASDAR Connaissances 2024 STAR https://rd-agri.fr/detail/PROJET/casdar_projet_24acn16050119
An abiotic disease is a physiological, non-parasitic, non-infectious disease caused by numerous phenomenons such as: accidents linked to climate or weather, nutritional disorders, phytotoxicity linked to treatment, genetic anomalies, or any other environmental factors or human interventions, ...
Une maladie abiotique est une maladie physiologique, non parasitaire, non infectieuse, provoquée par de nombreuses causes comme : les accidents liés au climat ou à la météo, les troubles de la nutrition, les phytotoxicités liées à un traitement, les anomalies génétiques, ou tout autres facteurs environnementaux ou interventions humaines, ...
Abiotic Plant Disease
Maladie Abiotique Des Plantes
An affected plant is a plant cultivated and challenged by a weed.
Une plante affectée est une plante cultivée et mise en concurrence par un adventice.
Affected Plant
Plante Affectée
L'affecté est le rôle donné à l'agent (la plante cultivée) qui est affecté (impacté négativement) par l'affecteur (l'adventice). L'affection met en concurrence des agents (l'adventice et la plante cultivée) qui partagent les mêmes ressources.
The affected is the role given to the agent (the cultivated plant) which is affected (negatively impacted) by the affector (the weed). The affection brings into competition between agents (the weed and the cultivated plant) which share the same resources.
Affected Role
Rôle De L'Affecté
An affection is a set of information describing the situation where several agents compete with each other. An affecting agent harms the development of another identified agent (the affected one) by consuming resources similar to its own and often limited. Signs of the affection may be visible on the affected agent (retarded growth). The agents responsible for the affection may be brought into contact with the affected agent through one or more vectors.
Une affection est un ensemble d'informations décrivant la situation où plusieurs agents sont en compétition les uns avec les autres. Un agent affecteur nuit au développement un autre agent identifié (l'affecté) en consommant des ressources similaires aux siennes et souvent limitées. Des signes de l'affection peuvent être visibles sur l'agent affecté (retard de croissance). Les agents responsable de l'affection peuvent être mis en contact avec l'agent affecté par le biais d'un ou plusieurs vecteurs.
Affection
A realization of an affection is an observed event of affection when one or more affectors affect an identified affected organism.
Une réalisation d'affection est un évènement observé d'affection où un ou plusieurs affecteurs affectent un organisme identifié.
Affection Realization
Réalisation D'Une Affection
A specification of an affection is the knowledge known about an affection when one or more affectors affect an identified affected organism.
Une spécification d'affection est l'ensemble de connaissances connues sur une affection quand un ou plusieurs affecteurs affectent un organisme identifié.
Affection Specification
Spécification D'Une Affection
L'affecteur est le rôle donné à l'agent (l'adventice) qui affecte un autre agent (la plante cultivée). L'affection met en concurrence des agents (l'adventice et la plante cultivée) qui partagent les mêmes ressources.
The affector is the role given to the agent (the weed) which affects another agent (the cultivated plant). The affection brings into competition between agents (the weed and the cultivated plant) which share the same resources.
Affector Role
Rôle De L'Affecteur
An aggression is a set of information describing the situation where one or more aggressors attack an identified host. The aggression causes the host to alter its state or modify its behavior. Signs of the aggression may be visible on the host (symptoms). In some cases, aggression can cause disease. Aggressors can be brought into contact with the host through one or more vectors.
Une agression est un ensemble d'informations décrivant la situation où un ou plusieurs agresseurs attaquent un hôte identifié. L'agression provoque chez l'hôte une altération de son état ou une modification de son comportement. Des signes de l'agression peuvent être visibles sur l'hôte (les symptômes). Dans certains cas, l'agression peut provoquer une maladie. Les agresseurs peuvent être mis en contact avec l'hôte par le biais d'un ou plusieurs vecteurs.
Aggression
Agression
A realization of aggression is an observed event of aggression when one or more aggressors attack an identified host.
Une réalisation d'agression est un évènement observé d'agression où un ou plusieurs agresseurs attaquent un hôte identifié.
Aggression Realization
Réalisation D'Une Agression
An specification of aggression is the knowledge known about an aggression when one or more aggressors attack an identified host.
Une spécification d'agression est l'ensemble de connaissances connues sur une agression quand un ou plusieurs agresseurs attaquent un hôte identifié.
Aggression Specification
Spécification D'Une Agression
L'agresseur est le rôle donné à l'agent qui attaque l'hôte. L'agression peut prendre différente forme comme le parasitisme ou la prédation.
The aggressor is the role given to the agent that attacks the host. Aggression can take different forms such as parasitism or predation.
Pathosystème – Syn. « Système épidémique ». Terme utilisé par les pathologistes végétaux pour désigner un système biologique au sein duquel les plantes, les agents pathogènes et leurs éventuels vecteurs (notamment insectes) interagissent. Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Aggressor Role
Rôle De L'Agresseur
An animal is a living organism described by the taxon kingdom "Animalia". For example, this taxon has the identifier 183716 in TAXREF.
Un animal est un organisme vivant décrit par le taxon du règne "Animalia". Par exemple ce taxon a pour identifiant 183716 dans TAXREF.
Animal
A bacterial pathogen is a bacterium or phytoplasma-type microorganism that directly or indirectly causes disease.
Un organisme pathogène bactérien est un microorganisme de type bactérie ou phytoplasme qui provoque directement ou indirectement une maladie.
Bacterial Pathogen Organism
Organisme Pathogène Bactérien
A bacterial disease is a parasitic biotic disease caused by bacteria or phytoplasmas (bacteria without walls).
Une maladie bactérienne est une maladie biotique parasitaire provoquée par des bactéries ou des phytoplames (bactéries sans parois).
Bacterial Plant Disease
Maladie Bactérienne Des Plantes
A bacterium is a living organisme described by the taxon kingdom “Bacteria”. For example, this taxon has the identifier 187502 in TAXREF.
Une bactérie est un organisme vivant décrit par le règne "Bacteria". Par exemple ce taxon a pour identifiant 187502 dans TAXREF.
Bacterium
Bactérie
A bioaggressor is an unwanted living organism in an agricultural plot and which negatively impacts agricultural production. A bioaggressor can be a harmful organism or a weed plant.
Un bioagresseur est un organisme vivant non désirable dans une parcelle agricole et qui impacte négativement la production agricole. Un bioagresseur peut être un organisme nuisible ou une plante adventice.
Bioagresseur : organisme vivant qui cause un dommage à une plante, incluant les microorganismes pathogènes (champignons, oomycètes, bactéries et virus, etc.), les ravageurs animaux (insectes, nématodes, acariens, etc.) et les plantes adventices (dans le contexte agricole). Source Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoît Moury. L'immunité des plantes, Pour des cultures résistantes aux maladies, édition Quae, 7 janvier 2021, 392 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232352, https://www.quae.com/produit/1661/9782759232345/l-immunite-des-plantes
Bioagresseur : tout organisme vivant aux dépens de la plante cultivée et causant potentiellement des pertes de récolte. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Bioagresseurs : organismes vivants dont les atteintes sur les plantes cultivées, selon leur intensité, sont susceptibles de causer des pertes économiques. Les bioagresseurs des cultures peuvent être des ravageurs animaux, des agents phytopathogènes (champignons, bactéries, virus et phytoplasmes) ou des plantes ­adventices qui concurrencent les plantes cultivées. Source Jean-Michel Legave (coordination scientifique). Les productions fruitières à l'heure du changement climatique, Risques et opportunités en régions tempérées, édition Quae, 10 février 2022, 464 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232536, https://www.quae.com/produit/1667/9782759232529/les-productions-fruitieres-a-l-heure-du-changement-climatique
bioagresseur des cultures : Organisme vivant qui cause des dommages aux plantes cultivées ou aux récoltes. Note: 1. Les bioagresseurs des cultures peuvent être des ravageurs, des agents phytopathogènes ou des plantes adventices. 2. On trouve aussi, parfois employé dans ce sens, le terme « ennemi des cultures ». Journal officiel du 07/09/2018 Source FranceTerme
Bioaggressor
Bioagresseur
An abiotic vector is a non-living phenomenon able of successfully transporting a pathogen agent from an infected living organism to another healthy living organism or to its environment or its consummed resource. Transport is considered effective if it enables the pathogen agent to be maintained in the environment in question. In plant health, water and wind are two essential abiotic vectors involved in the spread of plant bioaggressors over varying distances (e.g. water/bacteria; wind/insect vectors).
Un vecteur abiotique est un facteur non vivant capable de transporter avec succès un bioagresseur d'un organisme vivant infecté à un autre organisme vivant sain ou à des aliments, ou encore à son environnement. Le transport sera considéré efficace s'il permet le maintien du bioagresseur dans l'environnement considéré. En santé du végétal, l'eau et le vent sont deux vecteurs abiotiques essentiels impliqués dans le transport à plus ou moins grandes distances de bioagresseurs des plantes (ex. l'eau transporte des bactéries ; le vent transporte des insectes piqueurs-suçeurs).
Bioaggressor Abiotic Vector
Vecteur Abiotique De Bioagresseur
A biotic vector is a living organism able of successfully transporting a bioaggressor from an affected organism into the environment or in a consummed resource of another healthy organism, or even of inoculating it into this healthy organism. Any plants of the environment can be a reservoir for bioaggressors and/or biotic vectors. A biotic vector can also be a bioaggressor (e.g. an aphid). Biotic vectors in plant health are mainly biting-sucking insects (haemipterans) or nematodes (roundworms). A bird that carries a weed seed in its digestive system, enabling the seed to be deposited in a cultivated plot, is also a biotic vector.
Un vecteur biotique est un organisme vivant qui est capable de transporter avec succès un bioagresseur d'un organisme affecté dans l'environnement d'un autre organisme sain, voire de l'inoculer à cet organisme sain ou à des aliments. A l'échelle d'un paysage agraire, le transport ne se fait pas nécessairement uniquement entre parcelles cultivées. Les plantes du milieu sauvage (non cultivé) peuvent être réservoir de bioagresseurs et/ou de vecteurs biotiques. Un vecteur biotique peut aussi être en plus un ravageur des cultures (ex. puceron). Les vecteurs biotiques en santé du végétal sont principalement des insectes piqueurs-suceurs (hémiptères) ou des nématodes (vers ronds). Un oiseau qui transporte dans son système digestif une graine d'une plante adventice et qui permet de déposer cette graine dans une parcelle cultivée est aussi un vecteur biotique.
Dans le cas des vecteurs biotiques, pour être considéré comme 'vecteur' avéré, l'organisme vivant doit non seulement être porteur de l'agent pathogène mais aussi ensuite être capable de l'inoculer dans un nouvel hôte sain. Ainsi, des organismes vivants peuvent acquérir un agent pathogène en se nourrissant de la sève d'une plante infectée (ou de sang contaminé), mais ne pas avoir la capacité vectorielle à inoculer cet agent pathogène.
Bioaggressor Biotic Vector
Vecteur Biotique De Bioagresseur
A vector is either a living organism or a non living phenomena which is able of successfully transporting a bioaggressor from an affected organism to a healthy organism, or in the environment or in a consummed resource of this healthy organism. Transport is considered to be effective if it enables the bioaggressor to be maintained in the environment in question. Two categories of vector can be distinguished: biotic vectors, which are living organisms (insects, nematodes, birds, humans, etc.) and abiotic vectors, which are non living phenomena (wind, water, transport vehicle, etc.).
Un vecteur est soit un organisme vivant soit un facteur non vivant qui est capable de transporter avec succès un bioagresseur d'un organisme affecté vers un organisme sain, ou dans l'environnement ou à des aliments de cet organisme sain. Le transport sera considéré comme efficace s'il permet le maintient du bioagresseur dans l'environnement considéré. Il est possible de distinguer deux catégories de vecteurs : les vecteurs biotiques qui sont des organismes vivants (insectes, nématodes, oiseaux, humains, ...) et les vecteurs abiotiques qui sont des facteurs non vivants (vent, eau, véhicule de transport,...).
Maladie vectorielle. Maladie transmise par un vecteur biologique (souvent un insecte) qui porte un agent pathogène dont il n’est pas la cible et qui l’inocule à un animal hôte sensible au pathogène. Source Jean-François Soussana (coordination scientifique). S'adapter au changement climatique", Edition QUAE, 9 septembre 2023, 296 pages, https://www.quae.com/produit/1199/9782759221066/s-adapter-au-changement-climatique, EAN13 eBook [PDF] : 9782759220175
Porteur qui transporte un agent pathogène d'un organisme vivant infecté à un autre organisme vivant non infecté ou à des aliments, ou encore à son environnement ; par exemple moustiques porteurs de parasites de la malaria. Source Thesaurus INRAE.
Vecteur : organisme vivant transmettant une maladie en transportant un parasite d’un hôte à un autre. Source Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoît Moury. L'immunité des plantes, Pour des cultures résistantes aux maladies, édition Quae, 7 janvier 2021, 392 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232352, https://www.quae.com/produit/1661/9782759232345/l-immunite-des-plantes
Bioaggressor Vector
Vecteur De Bioagresseur
Maladie Parasitaire Des Plantes
Parasitic Plant Disease
A biotic disease of plants is a disease caused by various and numerous living organisms like pathogenic agents (micro organism of type fungi, bacteria, phytoplasma, viruses) or like harmful animal (macro organism of type nematodes, insects, ...). These diseases have an infectious nature, that is to say they transmit to other plants through different vectors or processes.
Une maladie biotique des plantes est une maladie provoquée par divers organismes vivants comme des agents pathogènes (c'est à dire un micro-organisme vivant de type champignons, bactéries, phytoplames, virus), des animaux nuisibles (c'est-à-dire des macro organismes de type nématodes, insectes,...). Ces maladies ont un caractère infectieux, c'est-à-dire qu'elles de transmettent à d'autres plantes grâce à différents vecteurs ou processus.
Biotic Plant Disease
Maladie Biotique Des Plantes
A characteristic is an entity that belongs to someone or something and allows it to be characterized in a distinctive or specific way.
Une caractéristique est une entité qui appartient en propre à quelqu'un ou à quelque chose et qui permet de le caractériser de manière distinctif ou spécifique.
Caractéristique
Characteristic
Damage is qualitative or quantitative yield losses due to the expression of the symptoms of a bioaggressor on the cultivated plant.
Les dommages sont des pertes de rendement qualitatifs ou quantitatifs dues à l'expression des symptomes d'un bioagresseur sur la plante cultivée.
Dommage : perte de récolte (réduction du rendement en quantité et/ou en qualité) due à l’action d’un bio-agresseur. Source Ephytia https://ephytia.inra.fr/fr/C/20381/TeSys-Leg-Glossaire. Dommage : Perte du potentiel de la culture (réduction du rendement en quantité et/ou en qualité). Source Ephytia https://ephytia.inra.fr/fr/C/23636/Veg-Di-g-Degats-dommages-et-pertes
Damage
Dommage
L'endommagé est le rôle donné à l'agent qui subit des dégats par l'agent destructeur. L'endommagé et le destructeur ne sont pas en relation symbiotique. Le destructeur peut quitté son hôte. L'endommagé est une spécialisation du rôle d'hôte.
The damaged is the role given to the agent who is destroyed partially from the destructive. The damaged and the destructive are not in a symbiotic relationship. The destructive may leave its host. The Damaged is a specialization of the Host role.
Damaged Role
Endommagé
Le destructeur est le rôle donné à l'agent qui détruit en partir l'hôte pour s'alimenter. Le destructeur et l'agent endommagé ne sont pas en relation symbiotique. Le destructeur peut quitté son hôte. Detruscteur est une spécialisation du rôle d'agresseur.
The destructive is the role given to the agent which destroys partially the host by feeding itself for example. The destructive and the damaged agent are not in a symbiotic relationship. The destructive may leave its host. Destructive is a specialization of the aggressor role.
Destructeur
Destructive
A disease is an alteration of the health or functions of living organisms (animals or plants), particularly when the cause is known as an aggression by a harmful organism on a host organism. This alteration (or disorder) has visible signs called symptoms.
Une maladie est une altération de la santé, des fonctions des êtres vivants (animaux ou végétaux), en particulier quand la cause est connue comme une agression d'un organisme nuisible sur un organisme hôte. Cette altération (ou désordre) a des signes visibles appelés symptômes ou dégâts.
A condition which alters or interferes with a normal process, state, or activity of an organism. It is usually characterized by the abnormal functioning of one or more of the host's systems, parts, or organs. Included here is a complex of symptoms descriptive of a disorder. Source UMLS
Disease
Maladie
A fungal pathogenic organism is a microorganism such as fungi, yeast or mold, which directly or indirectly causes disease.
Un organisme pathogène fongique est un microorganisme de type champignons, levures ou moisissures, qui provoque directement ou indirectement une maladie.
Fungal Pathogen Organism
Organisme Pathogène Fongique
A fungal disease is a parasitic biotic disease caused by pathogenic organisms such as fungi, yeasts, molds.
Une maladie fongique est une maladie biotique parasitaire provoquée par des organismes pathogènes de type champignons, levures, moisissures.
Fungal Plant Disease
Maladie Fongique Des Plantes
A fungi is a living organism described by the taxon kingdom "Fungi". For example, this taxon has the identifier 187496 in TAXREF.
Un champignon est un organisme vivant décrit par le taxon du règne "Fungi". Par exemple ce taxon a pour identifiant 187496 dans TAXREF.
Champignon
Fungi
A genetic resource is the description of a set of living organisms sharing common characteristics, whether a taxonomic species or a category of use in agriculture.
Une ressource génétique est la description d'un ensemble d'organismes vivants partageant des caractéristiques communes, que ce soit une espèce taxonomique ou une catégorie d'usage en agriculture.
Genetic Resource
Ressource Génétique
A harmful animal is a harmful organism of animal type. It can be a pest or a parasite. It is mainly a macroorganism (visible to our eyes) belonging to the animal kingdom, but some animals are also microscopic. For example, phylloxera aphids are microscopic. A harmful animal causes symptoms and damage to cultivated plants. A harmful animal can also directly or indirectly cause disease. A harmful animal can have different genus like insects, mites, nematodes, snails, mammals, snakes, birds...
Un animal nuisible est un organisme nuisible de type animal. Il peut être un ravageur ou un parasite des cultures. Il 'agit principalement d'un macroorganisme (visible à l'oeil nu) appartenant au rêgne animal, mais certains animaux sont aussi microscopiques. Par exemple, les pucerons phylloxera sont microscopiques. Un animal nuisible provoque des symptomes et des dommages sur les plantes cultivées. Un animal nuisible peut aussi provoquer directement ou indirectement une maladie. Un animal nuisible peut avoir différent genre comme les insectes, les acariens, les nématodes, les escargots, les mammiféres, les serpents, les oiseaux ...
Animal Nuisible
Harmful Animal
A harmful organism is a bioaggressor, which plays the role of the aggressor of a cultivated plant. Harmful organisms are pests (animals which cause damages), pathogenic organisms (microorganisms which cause disease) or parasitic plants. An harmful organism can have different genus like bacteria, viruses, insects, fungi, oomycetes, nematodes, gastropods, arachnids, etc...
Un organisme nuisible est un bioagresseur, qui joue le rôle de l'agresseur d'une plante cultivée. Les bioagresseurs sont des ravageurs (un animal qui provoque des dommages), des organismes pathogènes (un microorganisme qui cause des maladies) ou des plantes parasites. Un organisme nuisible peut avoir différent genre comme bactéries, virus, insectes, champignons, oomycètes, nématodes, gastéropodes, arachnides, etc.
un organisme nuisible réglementé est interdit d'introduction sur le territoire de l'Union Européenne. Il se distingue en 2 catégoires: Organisme nuisible de Quarantaine (OQ), Organisme Réglementé Nom de Quanrataine (ORNQ) source réglement (UE) 2016/2031
Harmful Organism
Organisme Nuisible
Dans le contexte d'une aggression, une plante hôte est une plante attaquée par un organisme nuisible.
In the situation of aggression, an host plant is a plant attacked by a harmful organism.
Host Plant
Plante Hôte
L'hôte est le rôle donné à l'agent qui est attaqué par l'agresseur. L'agression peut prendre différente forme comme le parasitisme ou la prédation.
The host is the role given to the agent who is attacked by the aggressor. Aggression can take different forms such as parasitism or predation.
Host Role
Rôle De L'Hôte
frequency
fréquence
En pathologie végétale, l’incidence estime la proportion d’unités végétales soumisses à un stress biotique ou abiotique dans une population donnée. Les unités peuvent être des plantes entières des feuilles, des fruits etc. L’incidence est une variable binaire : L’unité végétale observée est attaqué ou pas. Tout comme la sévérité il faut distinguer l’incidence d’une maladie, la plante est malade, par rapport à l’incidence d’un organisme nuisible. Incidence est à une échelle plus petite que la prévalence.
In plant pathology, incidence estimates the proportion of vegetal units undergoing biotic or abiotic stress in a given population. Vegetal units can be whole plants, leaves, fruits, etc. Incidence is a binary variable: the vegetal unit observed is either attacked or not. As with severity, it is important to distinguish between the incidence of a disease (the plant is diseased) and the incidence of a harmful organism. Incidence is on a smaller scale than prevalence.
Plant Disease Incidence: The proportion of the specimens diseased, regardless of the method, of the total number of specimens assessed. Source C. H. Bock, S. J. Pethybridge, J. G. A. Barbedo, P. D. Esker, A-K. Mahlein, E. M. Del Ponte. A phytopathometry glossary for the twenty-first century: towards consistency and precision in intra- and inter-disciplinary dialogues, Tropical Plant Pathology (2022) 47:14–24 (https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s40858-021-00454-0.pdf)
dans les notation en champs, la variable est aussi appelée fréquence d'une maladie ou d'un bioagresseur. Par exemple, dans le guide de l’expérimentateur colza 2019 de Terres Inovia, la fiche C6 propose d'exprimer les résultats sur l'évaluation du ravageur altise d’hiver par la fréquence qui est le pourcentage de pieds attaqués. La fréquence est calculée à l'aide de l'équation suivante = (le nombre de plantes avec au moins une larve d'altise X 100 ) / nombre de plantes examinées.
Incidence
En pathologie végétale, l’intensité d’une attaque d’un organisme nuisible sur une plante est un trait général qui se découpe en trait plus spécifique : sévérité, prévalence, incidence etc. Ce nom de trait n’est à utiliser que si aucun autre trait plus spécifique ne correspond.
In plant pathology, the intensity of a harmful organism attack on a plant is a general trait that can be specialised into more specific traits: severity, prevalence, incidence, etc. This trait name should only be used if no other more specific trait applies.
plant disease intensity: a general and broad term to encompass the quantity of disease expressed as incidence, prevalence, area diseased, density, or counts. Source C. H. Bock, S. J. Pethybridge, J. G. A. Barbedo, P. D. Esker, A-K. Mahlein, E. M. Del Ponte. (https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s40858-021-00454-0.pdf)
Intensity
Intensité
En pathologie végétale, le comptage de lésions estime la force d'une attaque d'un organisme nuisible sur une plante. Elle est évaluée à partir des symptômes observés de la maladie. Par exemple si une attaque s'exprime sur la surface des feuilles sous forme de tâche, le comptage de lésions est évaluée en comptant le nombre de tâche sur une feuille. Le comptage de lésions peut être utilisée comme une approximation à la sévérité d'une maladie.
In plant pathology, lesion counting estimates the strength of a harmful organism attack on a plant. It is assessed based on the observed symptoms of the disease. For example, if an attack is expressed on the surface of the leaves in the form of spots, lesion counting is assessed by counting the number of spots on a leaf. Lesion counting can be used as an approximation of the severity of a disease.
Comptage De Lésions
Lesion Count
En pathologie végétale, la densité de lésions estime la force d'une attaque d'un organisme nuisible sur une plante. Elle est évaluée à partir des symptômes observés de la maladie. La densité de lésions est le comptage des lésions rapporté à une unité de surface. Par exemple si une attaque s'exprime sur la surface des feuilles sous forme de tâche, la densité de lésion est évaluée en comptant le nombre de tâche sur une feuille rapporté à la surface de la feuille. La densité de lésions peut être utilisée comme une approximation à la sévérité d'une maladie.
In plant pathology, lesion density estimates the strenght of a harmful organism attack on a plant. It is assessed based on the observed symptoms of the disease. Lesion density is the number of lesions counted per unit area. For example, if an attack is expressed on the surface of leaves in the form of spots, lesion density is assessed by counting the number of spots on a leaf relative to the surface area of the leaf. Lesion density can be used as an approximation of the severity of a disease.
Densité De Lésions
Lesion Density
A living organism is a complex system that evolves over time. It is made up of one or more living cells. Living organisms are classified into species sharing common genetic, biological and morphological characteristics.
Un organisme vivant est un système complexe qui évolue au cours du temps. Il est constitué d'une ou plusieurs cellules vivantes. Les organismes vivants sont classifiés en espèces partageant des caractéristiques génétiques, biologiques et morphologiques communes.
Un organisme (ou organisme vivant), est, en biologie et en écologie, un système vivant complexe, organisé et est le produit de variations successives au cours de l'évolution. Il est constitué d'une ou plusieurs cellules vivantes (on parle alors, respectivement, d'organisme unicellulaire ou pluricellulaire). Les organismes vivants sont classifiés en espèces partageant des caractéristiques génétiques, biologiques et morphologiques communes. Source Wikipedia
Living Organism
Organisme Vivant
Le parasite est le rôle donné à l’agent (un organisme vivant) qui attaque l’hôte (un autre organisme vivant) en tirant profit de l'agression. L’organisme parasite vit durablement dans ou sur l’organisme hôte. Le parasite est un organisme non libre, il vit une relation symbiotique avec son hôte. Le parasite tire des bénéfices (gain de fitness : gîte, couvert, dispersion, etc) et il inflige des coûts à son hôte (perte de fitness : impact sur la reproduction, survie, etc). Parasite est une spécialisation du rôle d'agresseur.
The parasite is the role given to the agent ( a living organism) that attacks the host (another living organism) and benefits from the attack. The parasitic organism lives permanently in or on the host organism. The parasite is a non-free organism, living in a symbiotic relationship with its host. The parasite derives benefits (fitness gains: shelter, food, dispersal, etc.) and inflicts costs on its host (fitness losses: impact on reproduction, survival, etc.). Parasite is a specialisation of agressor role.
Parasitisme : mode de vie caractérisé par un développement réalisé au détriment d’un hôte dont le propre développement sera impacté, mais sans nécessairement conduire à sa mort. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Parasitisme – Relation symbiotique dont un des protagonistes (le parasite) tire profit (ressources, habitat, transport, etc.) et inflige des coûts (survie, reproduction, croissance, etc.) à l’autre protagoniste (l’hôte). Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Parasite
A parasitic animal is a harmful animal that lives in symbiosis with its host, that is to say it cannot survive long-term outside of its host. Parasitic animals cause symptoms and damage to cultivated plants. Parasitic animals can cause disease either directly or indirectly.
Un animal parasite est un animal nuisible qui vie en symbiose avec son hôte, c'est-à-dire qu'il ne peut pas vivre durablement en dehors de son hôte. Un animal parasite provoque des symptomes et des dommages sur les plantes cultivées. Un animal parasite peut provoquer directement ou indirectement une maladie.
Animal Parasite
Parasitic Animal
A parasitic plant is a harmful organism of vegetal type. That is to say it is a macroorganism (visible to our eyes) belonging to the vegetal kingdom. A parasitic plant causes symptoms and damage to cultivated plants. A parasitic plant lives in symbiosis with the host plant.
Une plante parasite est un organisme nuisible de type plante. Il s'agit d'un macroorganisme (visible à l'oeil nu) appartenant au règne végétal. Une plante parasite vie en symbiose avec son hôte, c'est-à-dire qu'il ne peut pas vivre durablement en dehors de son hôte. Une plante parasite provoque des symptomes et des dommages sur les plantes cultivées.
Parasitic Plant
Plante Parasite
Le parasité est le rôle donné à l'agent qui est agressé par un parasite. Le parasité est une spécialisation du rôle d'hôte.
The parasitized is the role given to the agent who is attacked by a parasite. The parasitized role is a specialization of the host role.
Parasitized Role
Rôle De Parasite
Le parasitoïde est le rôle donné à l’agent (un organisme vivant) qui attaque l’hôte (un autre organisme vivant) en se développant sur ou à l’intérieur de l’organisme hôte. L’organisme parasitoïde vit durablement dans ou sur l’organisme hôte, puis il tue inévitablement son hôte au cours ou à la fin de ce développement. Parasitoïde est une spécialisation du rôle d'agresseur.
Parasitoid is the role given to the agent (a living organism) that attacks the host (another living organism) by developing on or inside the host organism. The parasitoid organism lives permanently in or on the host organism, then inevitably kills its host during or at the end of its development. Parasitoid is a specialisation of the role of aggressor.
Parasitoïd
Parasitoïde
A pathogenic organism is a harmful organism of the microorganism type (unicellular organism not visible to our eyes) which directly or indirectly causes a disease. A pathogen microorganism can have different genus such as bacteria, viruses, fungi, protists, etc.
Un organisme pathogène est un organisme nuisible de type microorganisme (organisme unicellulaire non visible à l'oeil nu) qui provoque directement ou indirectement une maladie. Un agent pathogène vie en symbiose avec son hôte, c'est-à-dire qu'il ne peut pas vivre durablement en dehors de son hôte. Un agent pathogène peut avoir différent genre comme les bactéries, les virus, les champignons, les protistes....
Agent pathogène : microorganisme causant une maladie chez l’hôte infecté. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Agent pathogène – Cause qui provoque ou peut provoquer directement ou indirectement une maladie. Un agent pathogène peut être physique (chaleur, froid, traumatisme), chimique ou biologique (bactéries, parasites, champignons, virus). Dans ce dernier cas, on utilise aussi le terme d’agent infectieux. Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Pathosystème : système formé d’une espèce d’agent pathogène et d’une espèce hôte. Source Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoît Moury. L'immunité des plantes, Pour des cultures résistantes aux maladies, édition Quae, 7 janvier 2021, 392 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232352, https://www.quae.com/produit/1661/9782759232345/l-immunite-des-plantes
Micro Organisme Pathogène
Pathogen Micro Organism
A pest is a harmful animal that destroys the host plant or part of it without having a symbiotic relationship with it. A pest can live outside the host plant. A pest causes symptoms and damage to cultivated plants. A pest can also directly or indirectly cause disease.
Un ravageur est un animal nuisible qui détruit la plante hôte ou une partie de celle-ci sans avoir une relation symbiotique avec elle. Un ravageur peut vivre en dehors de la plante hôte. Un ravageur provoque des symptomes et des dommages sur les plantes cultivées. Un ravageur peut aussi provoquer directement ou indirectement une maladie.
Les ravageurs sont l'ensemble des organismes qui entrainent des dégâts sur les plantes cultivées, i.e. une perte de rendement liés à une baisse de la qualité ou de la quantité de la production. Les ravageurs sont de différents types : ceux "broyeurs", qui vont manger la plante directement ; ceux "piqueurs-suceurs" qui peuvent impliquer des dégâts directs par prélèvement de sève, installation de toiles (certaines larves et acariens), mais également des dégâts indirects en servant de vecteur à différentes maladies (bactéries, champignons, virus...) ou en favorisant l'instalation d'organismes non désirés (ex : la fumagine liée à la présence de pucerons, d'aleurodes ou de cochenilles). Source Ephytia
Ravageur : se dit d’un macroorganisme (typiquement un insecte) causant des dégâts aux cultures. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Ravageur – Raccourci du terme « insecte ravageur », qui désigne un insecte nuisible pour les cultures agricoles, pour les arbres et la végétation en général. Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Animal Ravageur
Pest Animal
A plant is a living organism characterized by plant cells. A plant is described by the taxon kingdom "Plantae". For example, this taxon has the identifier 187079 in TAXREF.
Une plante est un organisme vivant caractérisé par des cellules végétales. Une plante a pour description le taxon du règne "Plantae". Par exemple ce taxon a pour identifiant 187079 dans TAXREF.
Les plantes (Plantae) sont des organismes photosynthétiques et autotrophes, caractérisés par des cellules végétales. Elles forment l'un des règnes des Eukaryota. Ce règne est un groupe monophylétique comprenant les plantes terrestres. Source Wikipedia
Plant
Plante
A plant affection is a set of information describing the situation where several agents compete with a plant. An affecting agent harms the development of an identified plant (the affected plant) by consuming resources necessary for the plant and often limited. Signs of the affection may be visible on the affected plant (retarded growth). The agents responsible for the affection may be brought into contact with the affected plant through one or more vectors.
Une affection des plantes est un ensemble d'informations décrivant la situation où plusieurs agents sont en compétition avec une plante. Un agent affecteur nuit au développement d'une plante identifiée (l'affecté) en consommant des ressources nécessaire à la plante et souvent limitées. Des signes de l'affection peuvent être visibles sur la plante affectée (retard de croissance). Les agents responsable de l'affection peuvent être mis en contact avec la plante affectée par le biais d'un ou plusieurs vecteurs.
Affection Des Plantes
Plant Affection
A realization of an plant affection is an observed event of affection where one or more affectors affect an identified affected plant.
Une réalisation d'affection des plantes est un évènement observé d'affection où un ou plusieurs affecteurs affectent une plante identifiée.
Plant Affection Realization
Réalisation D'Une Affection Des Plantes
A specification of an plant affection is the knowledge known about an affection when one or more affectors affect an identified affected plant.
Une spécification d'affection des plantes est l'ensemble de connaissances connues sur une affection quand un ou plusieurs affecteurs affectent une plante identifiée.
Plant Affection Specification
Spécification D'Une Affection Des Plantes
A plant aggression is a set of information describing the situation where one or more aggressors attack an identified host plant. The aggression causes the host plant to alter its state or modify its development. Signs of the aggression may be visible on the host plant (symptoms). In some cases, aggression can cause disease. Aggressors can be brought into contact with the host plant through one or more vectors.
Une agression des plantes est un ensemble d'informations décrivant la situation où un ou plusieurs agresseurs attaquent une plante hôte identifiée. L'agression provoque chez la plante hôte une altération de son état ou une modification de son développement. Des signes de l'agression peuvent être visibles sur la plante hôte (les symptômes). Dans certains cas, l'agression peut provoquer une maladie des plantes. Les agresseurs peuvent être mis en contact avec la plante hôte par le biais d'un ou plusieurs vecteurs.
Agression Des Plantes
Plant Aggression
A realization of plant aggression is an observed event of aggression where one or more aggressors attack an identified host plant.
Une réalisation d'agression des plantes est un évènement observé d'agression où un ou plusieurs agresseurs attaquent une plante hôte identifiée.
Plant Aggression Realization
Réalisation D'Une Agression Des Plantes
A specification is the knowledge known about an aggression when one or more aggressors attack an identified host plant.
Une spécification est l'ensemble de connaissances connues sur une agression quand un ou plusieurs agresseurs attaquent une plante hôte identifiée.
Plant Aggression Specification
Spécification D'Une Agression Des Plantes
A cultivated plant auxiliary is a living organism, which plays the role of the aggressor or the affector of a crop bioaggressor. Thus, it protects crops attacked or affected by the bioaggressor.
Un auxiliaire des plantes cultivées est un organisme vivant, qui joue le rôle de l'agresseur ou de l'affecteur d'un bioagresseur des cultures. Ainsi, il protège les cultures attaquées ou affectées par le bioagresseur.
Au sens plus restreint, les auxiliaires désignent les ennemis naturels, organismes qui de par leur mode de vie, développement et/ou alimentation, régulent les populations de ravageurs de culture. On distingue trois types d’ennemis naturels : (1) les prédateurs : se nourrissant aux dépens d’autres animaux (proies) (2) les parasitoïdes : hyménoptères (guêpes) ou diptères (mouches) dont les larves se développent aux dépens d’un individu en entraînant sa mort (3) les microorganismes parasites : nématodes, bactéries, champignons ou virus entraînant de par leur développement la mort des bioagresseurs. Source https://doi.org/10.17180/9z65-4m22
Auxiliaire (synonyme antagoniste) : se dit d’un agent de lutte biologique (arthropode, agent pathogène) utilisé pour contrôler les populations d’un ravageur ou d’une adventice cibles. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Auxiliaires des cultures : organismes utiles aux plantes cultivées, soit en tant que prédateurs ou parasites des bioagresseurs des cultures, soit en tant que vecteurs de pollen, permettant la fécondation croisée chez de nombreuses espèces. Les auxiliaires des cultures sont généralement des animaux, mais ils peuvent aussi être des microorganismes (bactéries, champignons, etc.), voire des plantes. Source Jean-Michel Legave (coordination scientifique). Les productions fruitières à l'heure du changement climatique, Risques et opportunités en régions tempérées, édition Quae, 10 février 2022, 464 pages, EAN13 eBook [ePub] : 9782759232536, https://www.quae.com/produit/1667/9782759232529/les-productions-fruitieres-a-l-heure-du-changement-climatique
Auxiliaires – Ensemble des organismes vivants parasitant ou se nourrissant d’insectes phytophages, ce sont principalement les insectes parasitoïdes et les prédateurs (ou insectes entomophages). Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Auxiliaire Des Plantes
Plant Auxiliary
A plant disease is an alteration in the health or functions of plants, especially when the cause is known to be an aggression by a harmful organism on a host plant. This alteration (or disorder) has visible signs called symptoms.
Une maladie des plantes est une altération de la santé, des fonctions des végétaux, en particulier quand la cause est connue comme une agression d'un organisme nuisible sur une plante hôte. Cette altération (ou désordre) a des signes visibles appelés symptômes ou dégâts.
Altération de la santé, des fonctions des êtres vivants (animaux et végétaux), en particulier quand la cause est connue (par opposition à syndrome). Synonyme : affection. Source Larousse
Maladie Des Plantes
Plant Disease
A plant disease caused by harmful animal (pest or parasite) is a biotic disease caused by generally small animal (such as nematodes, mites, insect larvae, etc.).
Une maladie des plantes causée par des animaux nuisibles (parasites ou ravageurs) est une maladie biotique provoquée par des animaux généralement de petites tailles (comme les nématodes, les acariens, les larves d'insectes,...)
Maladie Des Plantes Causée Par Des Animaux Nuisibles
Plant Disease Caused By Harmful Animal
A plant disease caused by pathogen is a biotic disease caused by pathogenic organisms, that is to say microorganism such as fungi, bacteria, phytoplasmas, viruses.
Une maladie des plantes causée par des pathogènes est une maladie biotique provoquée par des agents pathogènes, c'est-à-dire un micro-organisme vivant de type champignons, bactéries, phytoplames, virus.
Maladie Des Plantes Causée Par Des Pathogènes
Plant Disease Caused By Pathogen
L'organe d'une plante est une partie de la plante nettement délimitée et remplissant une fonction particulière.
The organ of a plant is a clearly defined part of the plant that fulfills a particular function.
Organe De Plante
Plant Organ
Le prédateur est le rôle donné à l'agent qui tue l'hôte pour s'alimenter lui ou sa progéniture. Le prédateur et sa proie ne sont pas en relation symbiotique. La prédation est une interaction soudaine. Le prédateur est une spécialisation du rôle d'agresseur.
The predator is the role given to the agent which kills the host to feed itself or its offspring. The predator and its prey are not in a symbiotic relationship. Predation is a sudden interaction. The predator is a specialization of the aggressor role.
Prédateur : mode de vie caractérisé par la consommation au cours de la vie d’un grand nombre de proies d’une ou plusieurs espèces. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Prédateur – Organisme vivant qui met à mort des proies pour s’en nourrir ou pour alimenter sa progéniture. Ex. : les coccinelles (adultes ou larves) sont des prédatrices de pucerons. Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Predator
Prédateur
En pathologie végétale, la prévalence estime l’étendue spatiale de l’épidemie associée à un organisme nuisible, sur une partie du territoire. La prévalence est évaluée en calculant la proportion d’unités spatiales observées (champs, parcelles, exploitations, communes, départements, pays, etc.) présentant un signe d’une attaque sur l’ensemble des unités spatiales observées. Il est nécessaire de faire la différence entre la prévalence d’une maladie, la plante hôte est malade ou présente des symptômes, dans ce cas le trait s’intitule prévalence d’une maladie et la prévalence d’un organisme nuisible, l’organisme a été détecté indépendant de son hôte, dans ce cas le trait s’appelle la prévalence d’un organisme nuisible (e.g. Prévalence ).
In plant pathology, prevalence estimates the spatial extent of an epidemic associated with a harmful organism in a given area. Prevalence is assessed by calculating the proportion of spatial units observed (fields, plots, farms, municipalities, counties, countries, etc.) showing signs of attack out of all the spatial units observed. It is necessary to distinguish between the prevalence of a disease, where the host plant is diseased or shows symptoms, in which case the trait is called disease prevalence, and the prevalence of a harmful organism, the organism has been detected independently of its host, in which case the trait is called harmful organism prevalence.
plant disease prevalence: The porportion or number of fiels or geographic units (municipalities, counties, etc.) where the disease as been detected , on at least one specimen. Source C. H. Bock, S. J. Pethybridge, J. G. A. Barbedo, P. D. Esker, A-K. Mahlein, E. M. Del Ponte. (https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s40858-021-00454-0.pdf)
Prevalence
Prévalence
La proie est le rôle donné à l'agent qui est tué par le prédateur. La proie est une spécialisation du rôle d'hôte.
The prey is the role given to the agent who is killed by the predator. Prey role is a specialization of the host role.
Proie – Organisme vivant dévoré par un animal, le prédateur. Source Nicolas Sauvion, Paul-André Calatayud, Denis Thiéry, Frédéric Marion-Poll. Interactions insectes-plantes, Editions QUAE et IRD, 19/08/2013, 752 pages. https://doi.org/10.4000/books.irdeditions.22185
Prey
Proie
Le rôle est une fonction remplie par une entité existante lors d'une situation particulière. Cette fonction cesse d'existée en même temps que l'entitée. Un rôle est optionel et ne permet pas de définir de manière unique l'entité. La même entité peut changer de rôle au cours de son cycle de vie, ou avoir plusieurs rôle distinct dans la même situation.
The role is a function fulfilled by an existing entity during a particular situation. This function ceases to exist at the same time as the entity. A role is optional and does not allow the entity to be uniquely defined. The same entity can change roles during its life cycle, or have several distinct roles in the same situation.
a realizable entity that exists because the bearer is in some special physical, social, or institutional set of circumstances in which the bearer does not have to be, and is not such that, if this realizable entity ceases to exist, then the physical make-up of the bearer is thereby changed. A role is thus laways optional. source Building Ontologies with Basic Formal Ontology.
Role
Rôle
En pathologie végétale, la sévérité estime la force d'une attaque biotique et abiotique sur une plante. Elle est évaluée à partir des symptômes observés. La sévérité est la quantité de tissu végétal présentant des symptômes, rapportée à la quantité totale de tissu considéré. Par exemple si une attaque s'exprime sur la surface des feuilles, la sévérité est évaluée en calculant la proportion de surface de feuilles de l'échantillon exprimant le symptôme sur la surface totale des feuilles de l'échantillon. A noter que l’échantillon est prélevé sur une seule plante (sévérité à la plante) ou sur une unique parcelle (sévérité à la parcelle).
In plant pathology, severity estimates the strength of an attack biotic or abiotic in a plant. It is assessed based on the observed symptoms. The severity is the amount of plant tissue showing symptoms relative to the total amount of tissue considered. For example, if an attack is expressed on the surface of the leaves, severity is assessed by calculating the proportion of leaf surface area in the sample showing symptoms relative to the total leaf surface area of the sample. Note that the sample is taken from a single plant (severiy at the plant level) or from plants located in the same plot (severity at the plot level).
In contrast to incidence, plant disease severity can be defined as the area or volume of plant tissue that is (visibly) diseased, usually relative to the total plant tissue (3). It is a continuous variable, typically bound by 0 and 1, and a measure of the quality of plant tissue, not the number of plant units affected. Source Madden, L. V., and Hughes, G. 1999. Sampling for plant disease incidence. Phytopathology 89:1088-1103. Incidence, 1999 (https://apsjournals.apsnet.org/doi/pdf/10.1094/PHYTO.1999.89.11.1088)
Severity
Sévérité
La sévérité à la plante est un sévérité calculée sur un échantillon prélevé sur une seule plante.
Severity at the plant level is severity calculated on a sample taken from a unique plant.
Severity At The Plant Level
Sévérité à la plante
La sévérité à la parcelle est une sévérité calculée sur un échantillon prélévé sur plusieurs plantes appartenant à la même parcelle.
Severity at the plot level is severity calculated on a sample taken from several plants belonging to the same plot.
Severity At The Plot Level
Sévérité à la parcelle
L'expression d'un symptôme (ou d'un dégât) est une manifestation observable d'une maladie ou d'une agression sur l'hôte ou d'une affection sur la plante précisant l'organe atteint. Les symptômes peuvent provoquer des dommages lorsqu'ils impliquent une perte de rendement liés à une baisse de la qualité ou de la quantité de production de la plante. Les symptômes peuvent être directes (causés par un organisme nuisible) ou indirecte (causés par le vecteur qui transporte l'organisme nuisible).
Dégât : altération visible (symptôme) ou mesurable par rapport à une plante saine ou un peuplement indemne causée par la présence d’un bio-agresseur. Source Ephytia https://ephytia.inra.fr/fr/C/20381/TeSys-Leg-Glossaire. Dégât : Altération de la culture due à l’activité de l’agent responsable de la maladie ou du ravageur Source Ephytia https://ephytia.inra.fr/fr/C/23636/Veg-Di-g-Degats-dommages-et-pertes
Expression D'Un Symptôme
Symptom Expression
Le type de symptômes est un type des manifestations observées lors d'une agression sur un hôte (par exemple tâche, décoloration, nécrose, ...) ou d'une affection sur un organisme
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Symptom Type
Type De Symptôme
An vector animal is an animal able of successfully transporting a bioaggressor from an affected organism into the environment or in a consummed resource of another healthy organism, or even of inoculating it into this healthy organism.
Un animal vecteur est un animal qui est capable de transporter avec succès un bioagresseur d'un organisme affecté dans l'environnement d'un autre organism sain, voir de l'inoculer à cet organisme sain ou à des aliments.
Animal Vecteur
Vector Animal
Le vecteur est le rôle donné à l'agent qui transporte l'affecteur ou l'agresseur dans l'environnement de l'agent affecté ou qui inocule l'agresseur à l'hôte.
The vector is the role given to the agent which transports the affector or aggressor into the environment of the affected agent or which inoculates the aggressor into the host.
Rôle Du Vecteur
Vector Role
A viral pathogen is a virus-like microorganism that directly or indirectly causes disease.
Un organisme pathogène viral est un microorganisme de type virus qui provoque directement ou indirectement une maladie.
Organisme Pathogène Viral
Viral Pathogen Organism
A viral disease is a parasitic biotic disease caused by viruses.
Une maladie virale est une maladie biotique parasitaire provoquée par des virus.
Maladie Virale Des Plantes
Viral Plant Disease
A virus is an infectious agent that requires a cell of a living organism to replicate. In our modeling, for simplicity, we consider that a virus is an organism described by the taxon of the super kingdom "Virus". For example, this taxon has the identifier 10239 in the NCBI taxonomy.
Un virus est un agent infectieux qui a besoin d'une cellule d'un organisme vivant pour se répliquer. Dans le cadre de notre modélisation, pour simplifier, nous considérons qu'un virus est un organisme décrit par le taxon du super règne "Virus". Par exemple ce taxon a pour identifiant 10239 dans la taxonomie du NCBI.
Virus
A weed plant is a bioaggressor that appears in an agricultural plot, without being cultivated. It grows in competition with cultivated plants.
Une plante adventice est un bioagresseur qui apparait dans une parcelle agricole, sans être cultivée. Elle se développe en concurrence avec les plantes cultivées.
Adventice : espèce végétale spontanée et considérée comme nuisible dans un contexte agronomique ou environnemental. Source Xavier Fauvergue, Adrien Rusch, Matthieu Barret, Marc Bardin, Emmanuelle Jacquin-Joly, Thibaut Malausa, Christian Lannou. Biocontrole, Edition Quae, 27 février 2020, 376 pages, EAN13 eBook [PDF] : 9782759230778, https://www.quae.com/produit/1605/9782759230778/biocontrole
Végétal se développant en concurrence avec les plantes cultivées. Source Thesaurus INRAE
Plante Adventice
Weed
relation qui lie l'agent affecteur à l'agent affecté. Par exemple un adventice affecte une plante cultivée.
relationship that links the affector agent to the affected agent. For example, a weed affects a cultivated plant.
affect
affecte
relation qui lie l'agresseur à un hôte. Par exemple un organisme nuisible attaque une plante.
relationship that links the aggressor to a host. For example, a harmfull organism attacks a plant.
attack
attaque
relation qui lie deux entités A et B, A cause B implique que l'existence de A a produit l'existence de B. Par exemple, la bactérie "Xylella fastidiosa" cause la maladie de Pierce. La maladie de Pierce cause le dessèchement des feuilles.
relationship that links two entities A and B, A causes B implies that the existence of A implies the existence of B. For example, the bacteria "Xylella fastidiosa" causes Pierce's disease. Pierce's disease causes drying of leaves.
cause
relation qui lie une caractéristique à une entité. Par exemple, l'incidence caractérise une agression.
relationship that links a characteristic to an entity. For example, incidence characterize an aggression.
caractérise
characterize
relation qui lie un organisme vivant à la maladie qu'il a contracté. Par exemple, un plant de vigne contracte une maladie bactérienne.
relationship that links a living organism to the disease it has contracted. For example, a grapevine plant contracts a bacterial disease.
contract
contracte
relation qui lie une description génétique à un organisme vivant. Par exemple, le taxon du règne "Plantae" décrit les plantes.
relationship that links a description to a living organism. For example, the taxon of the kingdom "Plantae" describes plants.
describe
décrit
relation qui lie l'agent destructeur à l'hôte endommagé. Par exemple, un puceron endommage une plante.
relationship that links the destructive agent to the dammaged host. For example, an aphid destroyes a plant.
destroy
endommage
relation qui lie l'expression d'un symptôme à la maladie qui la provoque. Par exemple, le dessèchement des feuilles exprime la maladie de Pierce.
relationship that links a symptome expression to the disease that causes it. For example, leaf dryness express Pierce's disease.
express
exprime
relation qui lie un organisme vivant qui peut contracter une maladie à un vecteur qui dissémine cette maladie. Par exemple, un plant de vigne accueille une cicadelle; par conséquent le plant de vigne peut contracter la maladie de la flavescence dorée disséminée par la cicadelle.
the relationship that links a living organism that can contract a disease and a vector that disseminates this disease. For example, a grapevine plant harbors a leafhopper; as a result, the grapevine plant can contract the "flavescence dorée" disease spread by the leafhopper.
accueille
harbor
relation qui lie une affection à l'organisme affecté
relationship that links an affection to the affected organism.
a pour agent affecté
has affected agent
relation qui lie une affection à un organisme affecteur.
relationship that links an affection to an affector organism.
a pour agent affecteur
has affector agent
relation qui lie une aggression à un agent agresseur. Par exemple, une agression de la maladie de Pierce a pour agent agresseur la bactérie "Xylella fastidiosa".
relationship that links an aggression to the host agent. For example, an aggression of Pierce's disease has as host agenta grapevine plant.
a pour agent agresseur
has aggressor agent
relation qui lie une agression à la maladie provoquée par le bioagresseur. Par exemple, une agression bactérienne a pour maladie la maladie de Pierce.
relationship that links an aggression to the disease caused by the bioaggressor. For example, a bacterial aggression has disease the Pierce's disease.
a pour maladie
has disease
relation qui lie une aggression à un agent hôte. Par exemple, une agression de la maladie de Pierce a pour agent hôte un plant de vigne.
relationship that links an aggression to the host agent. For example, an aggression of Pierce's disease has as host agent a grapevine plant.
a pour agent hôte
has host agent
relation qui lie un tout à l'une de ses parties. Par exemple, une plante a pour partie une feuille.
relationship that links a whole to one of its parts. For example, a plant has as part of a leaf.
a pour partie
has part
relation qui lie un organisme vivant à l'un de ses stades de développement. Par exemple, une plante a pour stade floraison.
relationship that links a living organism to one of its development stages. For example, a plant has stage flowering.
a pour stade
has stage
relation qui lie une agression ou une affection à l'expression d'un symptôme. Par exemple, une agression de la maladie de Pierce sur les plants de vigne a pour symptôme le dessèchement des feuilles.
relationship that links an aggression or an affection to the expression of a symptom. For example, an aggression of Pierce's disease on grapevine plants has symptom the drying of leaves.
a pour symptôme
has symptom
relation qui lie une entité à un type caractérisant cette entité. Par exemple, l'expression de symptôme dessèchement des feuilles a pour type dessèchement.
relationship that links an entity to a type characterizing this entity. For example, drying of leaves has for type drying.
a pour type
has type
relation qui lie une agression ou une affection à un agent vecteur. Par exemple, une agression de la maladie de Pierce a pour agent vecteur un insecte.
relationship that links an aggression or an affection to a vector agent. For example, an Pierce's disease aggression has as vector agent an insect.
a pour agent vecteur
has vector agent
relation qui lie un organisme affecté à une affection.
relationship that links an affector organism to an affection.
est l'agent affecté de
is affected agent of
relation qui lie l'agent affecté à l'agent affecteur. Par exemple, une plante cultivée est affectée par une plante adventice.fr
relationship that links the affected agent to the affectar agent. For example, a cultivated plant is affected by a weed.
est affecté par
is affected by
relation qui lie un organisme affecteur à une affection.
est l'agent affecteur de
is affector agent of
relation qui lie un agent agresseur à une aggression. Par exemple, la bactérie "Xylella fastidiosa" est l'agent agresseur d'une agression de la maladie de Pierce.
relationship that links an aggressor agent to an aggression. For example, the bacterium "Xylella fastidiosa" is the aggressor agent of an Pierce's disease aggression.
est l'agent agresseur de
is aggressor agent of
relation qui lie l'hôte à son agresseur. Par exemple, une plante est agressée par un organisme nuisible.
relationship that links an host to the aggressor. For example, a plant is attacked by an harmfull organism.
est attaqué par
is attacked by
relation qui lie deux entités A et B, A est causé par B implique que l'existence de B a produit l'existence de A. Par exemple, la maladie de Pierce est causée par la bactérie "Xylella fastidiosa".
relation that links two entities A and B, A is caused by B implies that the existence of B produced the existence of A. For example, Pierce's disease is caused by the bacteria "Xylella fastidiosa".
est causé par
is caused by
relation qui lie une entité à une caractéristique. Par exemple, une agression se caractérise par son incidence, sa prévalence ou sa sévérité.
relationship that links an entity to a characteristic. For example, an agression is characterized by its incidence, prevalence, or severity.
est caractérisé par
is characterized by
relation qui lie une maladie à un organisme vivant qui l'a contracté. Par exemple, une maladie bactérienne est contractée par un plant de vigne.
relationship that links a disease to a living organism that has contracted it. For example, a bacterial disease is contracted by a grapevine plant.
est contracté par
is contracted by
relation qui lie un organisme vivant à sa description permettant de l'identifiée: son espèce taxonomique ou son rôle en agriculture. Par exemple, une plante est décrit par le taxon du règne "Plantae" ou par un usage en agriculture comme "grandes cultures" .
relationship that links a living organism to its description allowing it to be identified: its taxonomic species or its role in agriculture. For example, a plant is described by the taxon of the kingdom "Plantae" or by usage in agriculture as "field crops".
est décrit par
is described by
relation qui lie un organisme hôte à l'agent destructeur qui l'endommage. Par exemple, une plante est endommagée par un puceron.
relationship that links the host to the destructive agent. For example, a plant is destroyed by an aphid.
est endommagé par
is destroyed by
relation qui lie une maladie à une agression. Par exemple, la maladie de Pierce est la maladie d'une agression bactérienne.
relationship that links a disease to an aggression. For example, the Pierce's disease is the disease of a bacterial aggression.
est la maladie de
is disease of
relation qui lie une maladie à l'expression d'un symptôme qu'elle provoque. Par exemple, la maladie de Pierce est exprimée par le dessèchement des feuilles.
relationship that links a disease to the symptome expression it causes. For example, Pierce's disease is expressed by leaf dryness.
est exprimé par
is expressed by
relation qui lie un vecteur de la cause de la maladie à un organisme vivant qui peut contracter cette maladie. Par exemple, la cicadelle (connue pour être vectrice) est trouvée sur un plant de vigne; par conséquent la cicadelle peut transmettre la cause de la maladie de la flavescence dorée au plant de vigne.
the relationship that links a vector of the cause of a disease to a living organism which can contract that disease. For example, a leafhopper is found on a grapevine plant, so the leafhopper can transmit the cause of "flavescence dorée" disease to the grapevine plant.
est trouvé sur
is found on
relation qui lie un agent hôte à une aggression. Par exemple, un plant de vigne est l'agent hôte d'une agression de la maladie de Pierce.
relationship that links an host agent to an aggression. For example, a grapevine plant is the host agent of an aggression of Pierce's disease.
est l'agent hôte de
is host agent of
relation qui lie une proie à son prédateur. Par exemple, un puceron est tué par une coccinelle.
relationship that links a prey to its predator. For example, an aphid is killed by a ladybug.
est tué par
is killed by
relation qui lie une proie à son parasitoïde. Par exemple, un oeuf de puceron est parasité par ou oeuf de guêpe puis tué par la guêpe.
relationship that links a prey to its parasitoid. For example, an aphid egg is parasitised by a wasp egg and then killed by the wasp.
est parasité et tué par
is parasitized and killed by
relation qui lie un organisme hôte à un parasite. Par exemple, une plante est parasitée par un puceron.
relationship that links a host organism to a parasite. For example, a plant is parasitized by an aphid.
est parasité par
is parasitized by
relation qui lie une partie à son tout. Par exemple, une feuille est la partie d'une plante.
relationship that links a part to its whole. For example, a leaf is the part of a plant.
est la partie de
is part of
The relationship that links a disease and the vector that spreads it , i.e. the vector transports the pathogen agent that causes the disease. For example, "flavescence dorée" disease is spread by leafhoppers.
relation qui lie une maladie au vecteur qui la dissémine; c'est-à-dire le vecteur transporte l'agent pathogène qui est la cause de la maladie. Par exemple, la maladie de la flavescence dorée est disséminée par la cicadelle.
est disséminé par
is sprayed by
relation qui lie un stade de développement à un organisme vivant. Par exemple, floraison est un stade d'une plante.
relationship that links a stage of development to a living organism. For example, flowering is a stage of a plant.
est le stade de
is stage of
relation qui lie l'expression d'un symptôme à une agression ou une affection à. Par exemple, le dessèchement des feuilles est le symptome d'une agression de la maladie de Pierce sur les plants de vigne.
relationship that links the expression of a symptom to an aggression or an affection. For example, drying of leaves is a symptom of Pierce's disease aggression on grapevine plants.
est le symptôme de
is symptom of
relation qui lie un bioagresseur à un organisme vecteur qui le transporte. Par exemple, la bactérie "Xylella fastidiosa" est transportée par un insecte.
relationship that links a bioaggressor to a vector organism which transports it. For example, the bacteria "Xylella fastidiosa" is transported by an insect.
est transporté par
is transported by
relation qui lie un type à une entité. Par exemple, dessèchement est le type de l'expression du symptôme dessèchement des feuilles.
relationship that links a type to an entity. For example, drying is the type of symptom expression drying of leaves.
est le type de
is type of
relation qui lie un agent vecteur à une agression ou une affection. Par exemple, un insecte est l'agent vecteur d'une agression de la maladie de Pierce.
relationship that links a vector agent to an aggression or an affection. For example, an insect is the vector agent of an Pierce's disease aggression.
est l'agent vecteur de
is vector agent of
relation qui lie l'expression d'un symptôme à l'organe de la plante atteint. Par exemple, un dessèchement des feuilles est visible sur les feuilles.
relationship that links the symptome expression to the affected plant organ. For example, leaf dryness is visible on the leaves.
est visible sur
is visible on
relation qui lie le prédateur à sa proie. Par exemple, une coccinelle tue un puceron.
relationship that links the parasite to the host. For example, an aphid parasitizes a plant.
kill
tue
relation qui lie le parasite à l'hôte attaqué. Par exemple un puceron parasite une plante.
parasite
relation qui lie le parasitoïde à l'hôte attaqué. Par exemple une guêpe parasitoïde pond dans un oeuf de puceron.
relationship that links the parasitoid to the host. For example, a parasitoid wasp lays its eggs inside an aphid’s egg.
parasitie et tue
parasitize and kill
relation qui lie un vecteur à la maladie dont il transmet la cause; c'est à dire que le vecteur transporte l'agent pathogène qui est la cause de la maladie. Par exemple, la cicadelle transmet la cause (un phytoplasme) de la maladie de la flavescence dorée.
relationship that links a vector to the disease it transmits the cause; i.e. the vector transports the pathogen agent that causes the disease. For example, the leafhopper transmits the cause of the "flavescence dorée" disease.
transmet la cause de
transmit the cause of
relation qui lie un organisme vecteur au bioagresseur qu'il a transporté. Par exemple, un insecte transporte la bactérie "Xylella fastidiosa".
relationship that links a vector organism to the bioaggressor it has transported. For example, an insect transports the bacteria "Xylella fastidiosa".
transport
transporte